Die Städte und Gemeinden wären von einer EU-Bodenschutzrichtlinie massiv betroffen. Zudem stellt sich die Grundsatzfrage, ob die EU Union überhaupt für eine Bodenschutzgesetzgebung zuständig sein kann. Immerhin ist die EU nach dem Subsidiaritätsprinzip ausdrücklich darauf beschränkt, nur Fragen von europäischer Bedeutung regeln zu können. Der Boden ist aber immobil und von daher von vorneherein kein grenzüberschreitender Zusammenhang, der einer EU-Gesetzgebung zugänglich wäre. Zudem verfügt Deutschland in Bundes- und Landesgesetzen bereits über einen sehr ausgeprägten Bodenschutz. Sollten hier Probleme in anderen EU-Mitgliedstaaten vorliegen, so müssten diese dort gelöst werden, aber nicht zentral durch eine europäische Bodenschutzgesetzgebung. Dort, wo Bodenbestandteile über nationale Grenzen hinweg verbracht werden, gibt es bereits ausreichende EU-Instrumentarien, so z. B. im Bereich des Wasserrechtes für die Wasseradern oder hinsichtlich EU-Bestimmungen über die Luftqualität in Anbetracht denkbarer Bodenverwehungen.
Am 15. März 2010 hat sich nun der EU-Umweltministerrat erneut mit diesem Gesetzgebungsvorhaben befasst. Hinsichtlich der Beratungen im Rat ist festzuhalten, dass eine Mehrheit der EU-Mitgliedstaaten eine EU-Bodenschutzrichtlinie begrüßt. Dennoch ist nach wie vor nicht die nötige gesetzgeberische Mehrheit im EU-Ministerrat für eine EU-Bodenschutzrichtlinie vorhanden. Vor allem die deutsche Bundesregierung ist nach wie vor gegen eine EU-Bodenschutzgesetzgebung eingestellt. Argumentativ werden gegen eine EU-Bodenschutzrichtlinie vor allem die Aspekte eingewendet, die auch der Deutsche Städte- und Gemeindebund immer vertreten hat: Eine EU-Bodenschutzgesetzgebung würde mangels Europabezugs gegen das Subsidiaritätsprinzip verstoßen, sie würde erhebliche administrative Lasten verursachen, ohne dass ein Kosten-Nutzen-Verhältnis ersichtlich wäre.
Trotz dieser ablehnenden Haltung im EU-Umweltministerrat wird die Debatte über die europäische Bodenschutzpolitik weitergehen. Diskutiert wird nun, eine gemeinsame Bodenschutz-Strategie zu vereinbaren, sozusagen als „Ersatz“ für den bisher immer gescheiterten Richtlinienentwurf. Die Europäische Kommission möchte nach wie vor ihre Zielsetzung einer europäischen Bodenschutzgesetzgebung durchsetzen.